晨曦未露，六岁玄烨已在冰天雪地之中，赶往蒙馆读书，但仍迟误了半个时辰，帝师魏承谟鞭责陪同玄烨念书的儿子魏东亭。顺治皇帝下旨，令众皇子廷试，并视廷试情况奖罚师徒。其实，此举乃是顺治有意向佛，挑选接位之子，并请僧人行森大师相助。玄烨在廷试中顶撞顺治，被罚站立应试。顺治爱妃鄂贵妃病危，提出想要一个孩子，顺治准备将玄烨过继给她，引起玄烨生母佟妃不满，向孝庄太后哭诉，孝庄太后决定将玄烨带在自己身边。玄烨廷试表现优异，令顺治和行森惊叹不已，被奖，并可在龙椅上睡觉。少女苏麻喇姑被孝庄太后怜爱，收在自己身边，并叫她做玄烨的姐姐，陪伴玄烨。不料，玄烨突生恶疾天花，病情危急。在行森的挑唆下，加上鄂贵妃病势加重，顺治更加坚定了皈依佛门的心意。玄烨突生天花，顺治疑是曾生过天花的苏麻喇姑所染，令宫内太监将她拉出去办了

宫内太监准备将苏麻喇姑活埋，幸亏孝庄太后赶到，加以阻止，并令苏麻喇姑出宫。顺治为鄂贵妃和玄烨病情所困，向佛之心日重，久疏朝政，令大臣万分着急。在行森的建议下，顺治为鄂贵妃举行佛法道场，宫廷内弥漫氤氲佛声。全国四方急奏高积，众大臣无奈之中，闯入道场，企图劝驾。孝庄太后也是万分悲急，令大臣改朱批为蓝批，处理朝政事务。苏麻喇姑上山采集天花良药芨芨草，在宫廷外跪站一天，终被叫进宫内。玄烨服用以后，病情开始好转。孝庄太后令佟妃送同样的药给鄂贵妃。在顺治面前，佟妃只说这药原是牛服用的，于是被顺治斥退。玄烨病愈，孝庄太后欣喜之余，说救命恩人是苏麻喇姑，苏麻喇姑又被召进宫伺候玄烨。鄂贵妃终于病逝，顺治在灵堂中决定皈依佛门。大臣索尼闯宫被阻，在大堂外大喊大叫，甚至称呼皇帝名讳。

顺治终于给索尼开了门，并说日出之前决定归宿。众大臣遂相告孝庄太后。孝庄太后令索尼寻找行森师爷玉林秀，请他收治行森，并对宫廷防备作了安排。孝庄太后和顺治母子在挂有祖宗画像的大堂内相见，孝庄太后怒斥顺治，并向顺治跪下哀求，但顺治终无意皇位，向心佛国。孝庄太后决定毒死顺治，将准备好的毒酒递给顺治。顺治正欲喝下，被躲在门外偷听的玄烨冲进夺下。孝庄太后怕毒酒一事影响玄烨一生，将此事问玄烨，玄烨机灵作答，说出自己的想法，令孝庄太后非常欣慰。孝庄太后与玉林秀相见，将皇帝在行森引诱之下想当和尚之事实情相告，玉林秀愿以佛门法规收治行森。

玉林秀厉责行森，说劝诱皇帝出家，必将引起宫廷震怒，殃及佛门，但行森力辩，死不改意。顺治有意禅位玄烨，问玄烨敢不敢做皇帝，玄烨态度坚决。顺治令魏承谟拟“罪己诏”，魏承谟无奈之中只好从命。玉林秀见行森顽固到底，只好搬用佛门法规火烧行森。顺治令人给他剃度，奴才均不敢应承，苏麻喇姑站了出来，替他剃了头发。索尼等众大臣在旁监督火烧行森。行森面无惧色，一意孤行。已然剃度的顺治赶到现场，意欲救行森，众大臣却跪下请他以皇帝的身份下旨。顺治无奈之中，只好眼睁睁看着行森被烧死。魏承谟宣读由他笔录的顺治退位的《罪己书》，众大臣力主不应该将其公之于众，孝庄太后却令加上三条罪己条文，明示天下，并公告清世祖顺治皇帝龙御归天。顺治遁入空门以后，法名行痴。玄烨即位，是为康熙皇帝。

康熙即位仪式，本由帝师魏承谟司仪。但鳌拜等权臣以魏承谟是汉人为由，提议应由满人吴良辅即鳌拜的干儿子执掌，孝庄皇太后为了稳定政权局势，只好妥协，改由良辅主持皇位登基，并封鳌拜、索尼、遏必隆、苏克沙哈等四人为侯爵，主持朝政。公元1661年，八岁康熙正式登基。鳌拜大肆圈占土地，魏承谟上奏诉清查，康熙令索尼彻底清查，索尼则提议应以苏克沙哈主持此事。鳌拜与遏必隆等开始结党，索尼则居中观斗。鳌拜派人捕走康熙侍卫，康熙大怒。康熙命魏东亭免去陪读之职，管带鳌拜派来的新的侍卫。在朝政上，鳌拜、遏必隆等权臣借口不愿意与奸党同朝，站在大殿外拒绝入内，威逼康熙，而索尼又称病不朝，魏承谟只好称疾请退出朝政，康熙无奈准请。魏承谟退出朝政之后，鳌拜方才进入大殿，称捕走侍卫乃是因为他们在后花园内舞弄刀棒拳脚有违祖规，并已斩

鳌拜得寸进尺，向孝庄皇太后提议改换帝师，称魏承谟告他圈地乃是诬陷，孝庄皇太后为大局计，准鳌拜所请，同意鳌拜提议的帝师人选，但同时又要鳌拜提议魏承谟出任外省巡抚。康熙将鳌拜捕杀侍卫之事记恨在心，魏东亭终于为他寻得一个报复的机会。吴良辅为了给义父鳌拜的生日送贺礼，偷窃宫廷宝物，被康熙抓住，并以监守自盗为名，棒责吴良辅。鳌拜领来新任帝师济世拜见孝庄皇太后，却被告吴良辅被棒打，火速赶往，吴良辅已死。济世跪地请命，康熙只好称师，但对他教学不满，济世却以先帝之师要挟。孝庄提醒康熙，济世并非等闲之辈，要把他当作磨刀石，磨练自己。

康熙询问济世自己才学如何，济世说只及秀才，望在两年之内达到进士水平。康熙决定匿名参加科举考试，遂勤奋攻读。考子伍次友困饿于旅店门口，被明珠相救。苏克沙哈与班布尔善相商，共同搜集鳌拜圈地证据。苏克沙哈又隐名造访伍次友和明珠，望他们在应试中关注圈地活动，以争取下层民意。鳌拜、遏必隆与苏克沙哈同时拜访索尼，企图争取这位权臣。鳌拜等权臣提出以班布尔善为科举主考，苏克沙哈则力争自己担任，并就考试展开争论。索尼居中左右为难，干脆佯装急疾突发，退出朝议，并且在家闭门不出。为了磨练康熙独立处理朝政能力，孝庄皇太后令鳌拜、遏必隆、苏克沙哈尽心辅助康熙。孝庄走后，康熙一身轻松，魏东亭则提醒他别忘了后天即是科举考试之日。鳌拜与属下权臣相议圈地一事，表示决不退让，并决定与班布尔善一起向苏克沙哈摊牌。

科举应试之日，伍次友以自拟试题“论圈地乱国”最早交卷，康熙也在另室隐名应考。进土放榜以后，康熙榜上无名，万分懊丧。苏克沙哈来报，请康熙御点进士头三名，康熙始发现自己化名的卷子高中三甲，济世愧然请辞帝师。苏克沙哈拿出伍次友的卷子请康熙定夺，康熙阅毕，说要请此人为师，苏克沙哈决定奏请弹劾鳌拜圈地，及康熙提前亲政。班布尔善向鳌拜密告伍次友的卷子，鳌拜大怒，派人搜寻伍次友的下落。两人决定在朝政之日向苏克沙哈出手。济世向康熙请辞，并说自己是鳌拜派在皇帝身边的眼线，但自己从未做过违心之事。康熙决定在明日朝政除掉鳌拜之后，提前亲政，苏麻喇姑无法劝阻，连夜赶往东陵，拜见孝庄皇太后，孝庄决定即夜回京。朝政开始，索尼也被抬着进殿。苏克沙哈上奏弹劾鳌拜，鳌拜反奏弹劾苏克沙哈，形势一触即发。苏克沙哈拿出伍次友的卷子

朝政之上，鳌拜威逼有加，康熙无力控制局势，只好逮捕苏克萨哈。孝庄皇太后回京以后，严斥康熙。鳌拜、遏必隆、班布尔善面见孝庄皇太后，故作自责。孝庄皇太后为了安抚鳌拜等权臣，下旨斩杀苏克沙哈。康熙不解，孝庄说要用苏克沙哈的头换取天下几个月的太平，并在除掉鳌拜之后，再给苏克沙哈平反。康熙以龙儿之名造访伍次友，拜伍次友为师。苏麻喇姑对伍次友颇有好感。伍次友对康熙纵论天下大事，并说目前可以扭转局势的人只有索尼。明珠在门外翻看马鞍，辨识龙儿身份。康熙与明珠在门口相遇，康熙向他道中举之喜。孝庄皇太后造访索尼，为了拉拢索尼，作主将索尼之孙女赫舍里嫁给康熙，并越级直接做皇后。鳌拜等人深感不安。鳌拜决定暂且退让，向孝庄皇太后贺喜。孝庄令他主持康熙婚礼大典。康熙联姻索尼，实力大增。

朝政之上，索尼主张康熙亲政，鳌拜虽反对但也不敢肆意嚣张。康熙故意三辞，最后在众臣的一片拥戴声中，开始亲政理国。赫舍里回索府，索尼告戒孙女要谨慎从事。康熙与赫舍里互诉衷肠，感情开始融洽起来。索尼病情日危，康熙前往探望，索尼告诉康熙，清廷有两大隐患，一是鳌拜、二是吴三桂，应该分而治之。索尼终于病故。鳌拜又开始称病，要求设立首辅大臣，向康熙施压。鳌拜不朝，军机陷入混乱。康熙知道索尼病故，鳌拜少了一个强硬对手，急欲乘机扩展自己的权势，但康熙仍不同意封鳌拜为首辅大臣，而是每个内阁大臣为辅政大臣。退朝之后，魏东亭提醒康熙请孝庄皇太后收服鳌拜。康熙决定自己亲自动手，并向几位大臣下了密旨。鳌拜和班布尔善等几位权臣也在商议对策，班布尔善提出废君另立，鳌拜认为不妥。

六人举行手迹表决，除鳌拜写的是“隐”之外，其他五人写的均是“废”，鳌拜决定废君。康熙又向伍次友求学，苏麻喇姑对伍次友日益爱慕起来，为他缝了一双新鞋。街头发生殴斗，在伍次友寓外放哨的魏东亭介入其中，被京城九门提督、人称“铁丐”的吴六一抓住，幸亏康熙从寓所出来看到，叫苏麻喇姑令吴六一放人。明珠向康熙跪立称奴，康熙封他为五品后补道台。康熙启用刚才街头善斗之人，成立新的贴身侍卫，以备清除鳌拜之用。康熙故意让贴身侍卫与鳌拜过招，俱败，鳌拜更加藐视。京城内外军队俱为鳌拜所掌，惟独九门提督吴六一除外。康熙决定重用吴六一，并将其身陷囹圄的义父从狱中放出。鳌拜也去拉拢吴六一。吴六一的义父被送回吴府。吴六一却主张送义父回牢房，用自己的功劳换回。鳌拜开始调防京城嫡系部队，却借遏必隆之手批复。康熙怒斥遏必隆中立自保

鳌拜密探报告康熙经常与伍次友来往，班布尔善提议将康熙杀死在伍次友寓处，然后嫁祸于伍次友，此刻，康熙来访，鳌拜佯病迎出。康熙表面上对鳌拜敬重有加，称他为大清恩人，鳌拜有所心软，但班布尔善却极力怂恿，按既定目标行事。吴六一与魏东亭密商擒鳌拜之事。康熙向孝庄皇太后表白擒鳌拜决心，并劝孝庄去奉天避避风头，但孝庄不愿，对康熙鼓励有加。康熙为侍卫们喝酒壮胆。班布尔善向吴六一传鳌拜的假圣旨，企图以明升暗降的办法，将吴六一调离九门提督，由自己心腹执掌。待他走后，吴六一却拿出康熙圣旨宣读，自己还将留任。康熙约鳌拜单独晋见，鳌拜思量再三，慨然前往。班布尔善居心险恶，想在康熙与鳌拜搏斗之时，冲进宫内，杀死康熙，然后嫁祸于鳌拜，企图篡位。鳌拜单独来到康熙殿前，身后重门一扇一扇关上。康熙怒斥鳌拜，侍卫与鳌拜展开血搏。

危急之际，吴六一率军赶到，与班布尔善展开血刃。康熙思索再三，方才走出大殿，上朝。康熙令遏必隆审理鳌拜案件，并令在魏东亭身边的卧底现身，称赞魏东亭是位忠臣。康熙在荒郊野外巧遇行痴大师，行痴请康熙查看他在北方种水稻的试验，并说秋日即可收获，对康熙谆谆教诲。分别之后，苏麻喇姑说行痴重病染身，将不久于人世。康熙欲重用伍次友，伍次友却请辞离去，苏麻喇姑追上，问他为何舍她而去，伍次友述说原委。由于苏麻喇姑精心侍奉康熙，而康熙又对苏麻有意，孝庄太后下旨封苏麻喇姑为德妃，苏麻当场抗旨。大喜之日，苏麻喇姑久久不至，魏东亭、康熙与孝庄先后去叫门，苏麻喇姑均未开门。

苏麻喇姑终于开门之后，已将头发剪了许多，孝庄皇太后也无奈，下旨给她新建一座尼姑庵，让她永久居住，带发修行。朝政之上，康熙让念朱国治上奏弹劾吴三桂之折，群臣沉默谨慎；后又让念吴三桂上奏弹劾朱国治之折，诬陷朱国治拥兵自重，割据一方。在京郊小店，朱国治与周培公相遇，相谈甚畅，后周培公见朱国治将要披枷进京，询问原委。

康熙来到狱中，欲杀朱国治，但说杀他并非因他诬陷吴三桂，而是为给国家争取两年稳定，以后定当给他昭雪，子孙受封，朱国治慨然赴死，康熙却下令释枷，说杀忠臣自己岂非昏君，并下旨命朱国治为云南巡抚，以牵制和监视吴三桂。朱国治提出想启用周培公。周培公流落街头，卖字为生，并用自己老师伍次友写给康熙的推荐信的背面，给一位冤女写了诉状。吴应熊行贿索额图，请他疏通皇太后，吴应熊向孝庄表忠。孝庄皇太后提醒康熙平“三藩”不要操之过急。

三藩正商议撤藩之事时，假称朱三太子的杨起隆来访，鼓励“反清复明”，被吴三桂抓下，后又被吴三桂故意放走，以便利用杨起隆对付朝廷。黄敬密报杨起隆，康熙要出京。吴三桂向朝廷修书一封请辞，背后又大动军事。康熙南巡，驻扎户部尚书陈廷敬老家山西阳城皇城村。为体察民情，康熙分三路进行，在皇城村汇集。康熙召集当地文武百官训话，纵谈天下大事。魏东亭一路探得知府周云龙私通吴三桂，剥夺百姓，却被封为廉吏。康熙不知底细，也称赞周云龙为三晋楷模，并封他的夫人为一品诰命夫人。康熙询问百官，如果有人谋反，你们将会如何？康熙恩威有加，声明誓死维护疆土统一。

康熙将错就错，令魏东亭查实情况，处死周云龙，然后再给他哀荣。王辅臣晋见康熙，康熙对他晓之以礼，并封他为山峡大将军，统领军队，他的儿子留京陪侍。康熙下旨给明珠，索额图准备庭议撤藩之事。康熙在朝廷上痛斥“三藩”之弊，“三藩”开支已占国库支出一半，“三藩”之力足可敌国，群臣纷议。赫舍里怀上龙胎，孝庄皇太后满心欢喜，吴应熊又来表忠。众臣各怀心事。索额图说应安抚吴三桂，不应撤藩，明珠、陈廷敬则力主削藩。康熙痛下决心，朝廷只准议论如何撤藩。吴应熊向孝庄皇太后陈述今天朝政就是商议如何撤藩之事，孝庄大惊，怒斥康熙。康熙痛斥南巡所见，表明“三藩”已成清朝大患。

吴应熊修书吴三桂，说明康熙已定撤藩，但内部仍有歧议。新任云南巡抚朱国治拜见吴三桂，宣读康熙同意吴三桂请辞的圣旨，吴三桂表面表示尊旨，并处斩拒不同意撤藩之下属，还向朱国治家中送礼。周培公露宿寺庙，来到冤女卖豆腐处巧遇康熙。康熙看了冤女诉状，见背面却是伍次友对周培公的推荐信，便邀周培公到茶馆一叙。周培公向康熙跪地叩拜，表明知道康熙身份。康熙令北京府衙护送被错抓的冤女回乡申冤。明珠来报，称云南巡抚朱国治奏折已到。

朱国治向吴三桂传达朝廷同意撤藩所用钱粮额度奏折，吴三桂交出平西大印，并称履约撤藩日期。吴三桂去信吴应熊，叫他离京回滇。吴应熊决定暂不离京，以麻痹康熙，并与杨起隆相见，捐钱资助杨起隆起事。云南奏折到京，称撤藩日期已定，康熙大悦，向孝庄皇太后报喜。黄敬向康熙吹说烟花之处明月楼如何香艳，康熙微服前往，魏东亭在近处侍卫。鸨母叫来头牌名妓紫云给康熙翩翩起舞，颇吸引康熙。周培公宫廷内遍寻康熙不着，万分着急，率兵来到街上，碰到太监小毛子，得知康熙在明月楼。康熙对紫云颇有好感。吴应熊向杨起隆点明应谋杀康熙，杨起隆称在康熙身边安插了许多密探太监，并说可以利用自己的妹妹紫云谋杀康熙。

康熙怀疑宫内有杨起隆乱党卧底，因此故意鞭责太监小毛子，让他混入乱党卧底。吴三桂兵力对准朱国治，封锁关隘，准备起事。朱国治请钦差大臣速赴京城向康熙报告吴三桂起兵一事，自己拒绝逃逸离滇。钦差大臣装成跑马帮的，潜出云南。朱国治在家中与夫人商谈后事，表明为国慨然赴死决心。朱国治夫人自缢殉节，朱国治又杀死一对儿女，直闯吴三桂兵营，怒斥吴三桂，被血刃祭旗。吴三桂正式起兵反清，杨起隆在北方遥相策应。康熙又与被另外安置的紫云相会。在杨起隆处卧底成功的太监小毛子火速回报，说紫云要毒害康熙。

魏东亭紧急来到明月楼，紫云已在康熙怀里死了。小毛子报吴三桂已经反叛，康熙不信，并令其拿着他的信物去告诉杨起隆，说康熙已被毒死。赴滇钦差大臣来报，吴三桂已反，康熙大惊失色。周培公提议京城紧急戒严，以防杨起隆攻打朝廷。康熙给王辅臣下旨，令他领兵反叛，王辅臣却按兵不动，静待时局变化。周培公给康熙具体分析三藩详情，并认为王辅臣违旨，乃是观望战局发展，若吴三桂胜，则攻打朝廷，反之则挥戈南击吴三桂。朝廷将士目前战势不顺，屡被吴三桂击败。康熙自觉削藩操之过急。索额图前来进献平叛之策，说要用明珠、周培公的人头去安抚吴三桂，康熙怒斥。赫舍里难产，生下了一个龙子，康熙立他为太子，赫舍里含笑而死。

小毛子从牢狱逃脱。孝庄皇太后厉责康熙，要他振作起来，杨起隆乱党闯入宫内，宫内太监造反，与朝廷将士激战，威胁康熙与孝庄皇太后的安全。索额图请求康熙与孝庄皇太后暂避，孝庄皇太后临危不乱，声称平三藩是她的旨意，康熙只是遵旨行事，只要君臣同心，清廷必将永远不败。朝廷官兵与杨起隆乱党展开激战，乱党不敌，杨起隆欲自尽，被下属劝阻逃走。吴应熊被押到孝庄皇太后处，孝庄说他有罪但没有错。索额图收留一孤女，给她取名红玉，藏匿家中。

剧情图片周培公与副将图海率军势如破竹，很快灭了察哈尔王叛军。解除朝廷危机后，又挥师西南直逼吴三桂叛军。羁留京中的王辅臣儿子王吉贞，带着康熙亲笔御信，火速面见王辅臣。康熙在信中恩威并施，并表明必胜吴三桂的信心，但王辅臣仍持观望态度。原先以为王吉贞被朝廷大炮轰死的王辅臣，见儿子平安归来，终于投向朝廷阵营。康熙见王辅臣归顺大喜，但明珠提出应节制周培公。周培公率军南下，吴三桂屡遭重创。吴三桂登基称帝，割据云贵川，企图鼓舞士气。京城来旨，调周培公回京，把最后取胜吴三桂的机遇让给图海。经过五年奋战，至1681年，康熙终于平定“三藩”。

康熙接到福建军情危急汇报，心中十分忧虑。康熙与病危的周培公相见。康熙向周培公坦言把他贬到盛京缘由，并说这次出巡的目的之一是为了安抚蒙古各族首领，同时，想重用周培公攻打台湾。周培公称病重，向康熙推荐了姚启圣。康熙御览周培公积十年之功绘就的中华全图，十分激动。周培公向康熙陈述葛尔丹之隐患，不久离开人世，康熙为周培公亡灵守夜。朝政之上，康熙要求商议台湾问题，群臣意见分歧，索额图陈述姚启圣官越做越小的原因。康熙派太监寻找姚启圣。姚启圣与太监发生争执受辱，而又依理鞭打太监。

康熙为了打击姚启圣的狂气，将他投进大牢，令大阿哥胤禔前往福建前线，担任副将。姚启圣在牢内，康熙不准任何人跟他说话，把姚启圣憋得要命。康熙召集蒙古各族首领，进行安抚，群首领进言康熙剿灭葛尔丹。喀尔喀大汗力战不敌葛尔丹，临终前叮嘱女儿宝日龙梅向康熙请兵光复部族。宝日龙梅血刃冲出重围，千里迢迢奔向京城。康熙对私通葛尔丹的科尔沁部落首领恩威并用，叫他把收下的葛尔丹钱财运往京城，算是借用，又封丰腴之地与他，进行分化拉拢。胤禔来到福建前线，急于建立军功，率军出征，起初把施琅打败。康熙收到捷报，大喜封赏，并准备把姚启圣逐出牢房回去养马。

康熙叫姚启圣坐到自己车上。姚启圣嗜书如命，偷了康熙一本书勤读。康熙斥责姚启圣张狂，轻视满清，并表示愿意与他讨论汉族文化。姚启圣自责，称康熙是圣君，学问可比一代宗师。康熙回到京城，把书赐给姚启圣，姚启圣感动不已。姚启圣被重用以后，详列收复台湾策略，并推荐了他的学生、台湾水师主将施琅，可以进行策反重用。康熙当着姚启圣的面，将顺治皇帝永不录用姚启圣的圣旨烧毁，并任命姚启圣为福建总督，主平台之事。台湾方面，郑成功之子延平王郑经与从将商议战事，施琅主张议和，而郑经却主张力在战，并对施琅掠夺东南五省税粮数目问题产生疑心。

孝庄希望能够满汉通婚，让阿哥、格格与汉族联姻，化敌为友。康熙误掀慧妃的牌子，发现后改去容妃处，慧妃满心不快，怨责太监李德全，但无奈只好半途回去。康熙让容妃回福建祭祖，以皇贵妃之尊，着汉服接触各界，做一恩服天下的女钦差。康熙爱女蓝齐儿也要求同母亲容妃一起去福建，康熙恩准。慧妃要儿子胤禔建功立业，取皇太子胤礽而代之。姚启圣宣布近海三十里不住百姓，只住兵勇，百姓必须迁往内地，以绝台湾物资之需，福建沿海居民怨声载道。姚启圣又令广东、浙江迁界禁海，以围困台湾。但这同样影响了东南税赋收入，朝廷内部意见纷争，明珠等众权臣要求罢免姚启圣，康熙反而大力支持姚启圣的平台策略。明珠提出前往台湾招降。

康熙接到郑经要求谈判来函，令明珠赴台谈判，并定下剃发、称臣、登岸三个原则。从姻亲和军事历史背景上看，福建总督姚启圣的妹夫为清东阁大学士（宰相）署兵部事的潘湖叟黄锡衮；而分管兵部的阁臣潘湖叟黄锡衮的妹夫是福建水师提督施琅。明珠刚到福建，郑泰送来一信，表示愿意归附大清。姚启圣反对明珠与郑泰相谈，明珠斥责姚启圣，并宣旨节制平台事务。明珠前往金门，郑泰痛诉与郑经恩怨，并称已在台湾安排妥当。明珠向郑经提出三个归顺原则，双方唇枪舌剑，没想到郑泰下属不但没有刺杀郑经，反而将他和明珠抓了起来。在海崖上，郑经欲杀明珠和郑泰，施琅前来救助郑经，却被明珠说成奉旨前来剿贼，结果所有亲属被害。

施琅到京晋见康熙，康熙封他将军提督一职。施琅提出不愿与姚启圣为伍，康熙赏他一道密折。宝日龙梅来到京城，直闯王府，胤禔怒打了前来追捕宝日龙梅的葛尔丹官兵。康熙不愿得罪葛尔丹，斥责胤禔。明珠劝其妹妹慧妃不要为胤禔争位而让康熙烦怒。宝日龙梅被安排在一个单独的住处中，与胤禔相见，两人颇有好感。胤禔向宝日龙梅表达感情，宝日龙梅说在未为父报仇前不谈此事。容妃和蓝齐儿来到福建，拜见姚启圣，被误会拒见，后见面，姚启圣陈述禁海之困难，并推荐了李光地。

为了节约开支，容妃提议后宫撙节用度，请慧妃主持此事，康熙恩准。在分管兵部的东阁大学士（宰相）潘湖叟黄锡衮的支持下，施琅的真知灼见打动了康熙和朝中大臣，姚启圣在众将士面前给施琅树立威信。李光地被绑进京，与胤禔相见。李光地称不愿做官，请辞回乡。在半途中，被蓝齐儿率众格格拦住，容妃也赶到，李光地只好回京。康熙下旨修《明史》和《康熙字典》。李光地晋见康熙，被封为特派史，处理禁海遗留问题。蓝齐儿暗中爱慕李光地，康熙点破蓝齐儿。葛尔丹进京，偶遇蓝齐儿，一下子被其美貌所吸引。索额图禀报康熙葛尔丹的使者格隆在京购买各种物资。

康熙称不让宝日龙梅留在身边是不想为任何人利用，但他一定会剿灭葛尔丹，并恩施宝日龙梅留在苏麻喇姑身边。胤禔万分沮丧。蓝齐儿送李光地赴闽就任，又与葛尔丹相遇。葛尔丹把在京城所购丝绸等物全部烧毁，发誓打回北京，复辟大元，再建元大都。胤礽在索府喜欢上了收留的孤女红玉。朝政之上，胤礽提出立即收复台湾，群臣附议。康熙封索额图为钦差大臣，前往福建督战。索额图来到福建，姚启圣、施琅、李光地均表示反对立即攻台，认为目前各方面条件并不成熟，但索额图力主战事，并以康熙相压，姚启圣对索额图称，明日一早相报最后决定。姚启圣仔细分析索额图意图，决定给康熙上折。

水师全军挫败，但施琅得胜归来。康熙下旨索额图回京。姚启圣上奏请罚，康熙准其回家丁忧。姚启圣离职之前，给康熙上了一折，称攻台之前曾给康熙上过三折，康熙并未收到，大为震怒，下旨彻底清查，兵部经办官员引咎自尽，保护了幕后主子。慧妃向康熙称赞胤禔。康熙病中召胤禔来见，胤禔称兵部压制姚启圣三封奏折，乃是有意而为，目的是为了保护索额图，并说上次胤礽在朝政上率先提出力主攻台，也是索额图的意思。

明珠与郑经使者冯西范讨价还价，初步达成招抚条件，但最后冯西范提出郑经要三年以后才能登岸，得寸进尺，康熙下旨向郑经开战。姚启圣重被启用。姚启圣、施琅、李光地三人联名向康熙立下收台军令状。郑经巡视海防，进行部署安排。旗兵为了军备，又抢民财，与汉兵水师发生纠纷。姚启圣上奏康熙要求旗兵离闽，葛尔丹又兵犯蒙古各族，军力大增。康熙请明珠和索额图主持庭仪，康熙病恙回去休息。

蓝齐儿向孝庄皇太后哭诉，孝庄讲诉自己经历，称女人为了大清国必须做出牺牲。蓝齐儿说父皇一定会在今后消灭葛尔丹，她该如何对待。孝庄称女儿唯独不能有自己。姚启圣与施琅在具体攻台策略上发生矛盾，双方上折康熙，康熙下旨命施琅专权主持平台事务，姚启圣免职回家继续丁忧。康熙下旨给魏东亭，近日将出巡南京，就近督促平台战事，并核实三千万两饷银是否筹齐。魏东亭喜中有忧。江苏道台葛礼怀疑南京栖霞寺的应空和尚就是杨起隆，向他敲诈八百万两银子，杨起隆无奈只好同意。

康熙出巡南京，途中接到福建来报，请求攻台时间推迟一日，康熙下旨必须按原定日期收台。姚启圣称这是康熙为了重阳节那一天在明孝陵宣布平台，以便收服大明遗民之心。施琅出师攻台，群情振奋，姚启圣也要上船助战，施琅不允，说他不懂海事。姚启圣称他为了收台，祖坟都让人家挖了。施琅叫姚启圣拿出康熙密旨。姚启圣上船以后，施琅起锚出击。康熙在南京受到出击报告，甚为喜悦。康熙问魏东亭军饷筹备情况，魏东亭说尚不足，拟将家资也充入，康熙给他出了不少筹饷主意。魏东亭下令严搜紫金山和栖霞山，寻找三门大炮。葛礼向杨起隆索要八百万两银子。

葛礼亲自率兵到栖霞寺找寻银两，三门大炮也找到，魏东亭称也将栖霞寺银两作军饷，但杨起隆逃掉了。康熙因魏东亭渎职进行处罚，给他两条出路，魏东亭选择了去台澎当知县。康熙恩赏姚启圣、施琅、李光地三人，并对李光地期望很大。葛尔丹接走蓝齐儿，蓝齐儿向胤禔反射一箭，称她已是葛尔丹的女人。葛尔丹继续扩张，并暗中得到沙俄支持，严重威胁大清皇权。葛尔丹东迁，逼近内地。葛尔丹和蓝齐儿有了孩子以后，恩爱和睦，葛尔丹专门为蓝齐儿建造了一座仿照北京的宫廷让她居住。蓝齐儿问葛尔丹东迁是否是为了攻打北京，葛尔丹明白无误称是。

索额图揭穿家中蔡总管卧底身份，蔡总管自尽。在官吏任用上，明珠也向李光地拉拢施压。李光地往访苏麻喇姑，倾诉心中苦恼，称本想做一个博学鸿儒，不料陷入了官场，而且左右夹缝，险象迭生，并称他的老师是伍次友，勾起苏麻喇姑无限感慨。李光地告诉苏麻喇姑，伍次友已于八年前离世。在官吏任用名单上索额图和明珠继续向李光地施压，并互相攻击对方结党营私，绝没有好下场，请李光地站稳立场。李光地左右为难。康熙召见被葛尔丹驱出家园的蒙古各族首领，称打败葛尔丹后，原来的一切都将重新归还他们，并以亲王之待遇让他们居京，所用军饷以后归还。李光地向康熙请辞为民，并当场揭穿索额图、明珠的朋党之争，被康熙免职押入大牢。苏麻喇姑在康熙面前为李光地说情。

葛尔丹将康熙的圣旨和所赐礼物付之一炬。康熙亲自率军征讨，宝日龙梅也要参战，康熙阻止，下旨宝日龙梅不准离开京城。康熙带李光地坐着囚车出征，李光地自称糊涂之人。胤礽留京主政，浸于荒淫，让众臣跪在朝前，索额图提醒胤礽要善于笼络众臣之心，以备将来之用，并提供了明珠营私之材料。胤禔称首战告捷，但康熙认为葛尔丹避开主力，定是另有所谋。康熙在营地见李光地，对其劝勉有加，复职侍驾。康熙身体不适，染上寒热重症，京城议论纷纷。

葛尔丹兵分两路朝康熙大营逼近。康熙自觉可能无法回到京城，留下遗诏，欲立胤礽接位，明珠极力劝阻，称胤礽在京散布谣言，急欲登基。康熙急火攻心，病情更重。容妃带着两个在路上遇到的法国牧师来到康熙军营，法国牧师带来最新研究成功的治理寒热西药，容妃试服以后无碍。葛尔丹与胤禔兵刃对阵，蓝齐儿冲入劝止。康熙服药以后，病情好转。康熙下旨开战，容妃冲入战场，与蓝齐儿抱在一起。双方展开血战，死伤无数。李光地传康熙圣旨，令容妃和蓝齐儿回到康熙大营，蓝齐儿不从，坚持回葛尔丹身边。康熙病初愈，担心宫廷有变，准备班师回京。

胤禔在康熙面前称自己过河激战之后，被大水冲走。康熙称这次亲征大挫葛尔丹，将来仍要御驾亲征。索额图告诉胤礽，称康熙班师回京，可能要使你我陷入险境，全是明珠、胤禔告的御状。索额图称要把提议做皇冠龙袍的管家交给康熙，以使胤礽脱离干系。康熙不愿见索额图等留京众臣。胤禔在康熙面前急于表白，康熙训斥。康熙和胤礽交心，胤礽称索额图留京期间力排谣言，稳定政局。李光地在苏麻喇姑面前称要积极入世，扳倒索额图和明珠两大朋党。

康熙整顿吏治，令大臣上奏弹劾违君之臣。康熙把弹劾明珠等朋党的奏章推到他们面前，恩威并施。康熙令李光地也上奏章，并令其对两封匿名弹劾索额图勾结朱三太子密谋炮轰康熙与胤禔曾被葛尔丹捕获的奏章进行清查。索额图《尼布楚条约》谈判成功，李光地烧掉了弹劾他的奏章。明珠六十大寿，众臣前来贺喜，李光地前来传达康熙圣旨，呈上康熙题词，并宣读自己弹劾明珠的奏章。康熙斥责索额图结党营私，并称是因《尼布楚条约》谈判成功才保他。

康熙决定御驾亲征剿灭葛尔丹，容妃提出随营侍驾，孝庄皇太后认为宝日龙梅也应同去出征，并希望康熙能将蓝齐儿带回京城。张廷玉称明珠在牢里仍忙于公务，明珠称自己有错但无罪。康熙下旨明珠等大臣革职，永不录用，并称大清最大隐患在于朝廷，要求众臣遵循“正大光明”牌匾，把正殿改为“正大光明殿”。康熙率军亲征，也把明珠放在囚车里带上，宝日龙梅亦随军出征。胤禔送食物给明珠，明珠不要，告诫胤禔心不能太软。太监偷看了弹劾索额图私通朱三太子的匿名奏折，向索额图与葛礼密报，索额图令葛礼押送粮食到漠北。

陈廷敬病逝。张廷玉运粮到漠北，向孝庄皇太后辞行。孝庄令他到苏麻喇姑处。苏麻喇姑给康熙写了一封信，称自己一生只真正爱过一个人，那就是弟弟玄烨。苏麻喇姑当着张廷玉的面，又将信烧掉。孝庄下旨给容妃，令容妃劝康熙不要废太子，对容妃称，等她走后，不许告诉康熙，并叫关上宫门。孝庄皇太后终于病故，苏麻喇姑也于当日圆寂。宝日龙梅给康熙带来了粮草和兵力，并探到了葛尔丹的营地，张廷玉也押粮运到。康熙部署兵力开战。捷报频传，康熙向张廷玉询问孝庄皇太后近况。胤禔与葛尔丹再次对阵开战。葛尔丹大军被剿灭。

葛礼劝说朱三太子密杀康熙。康熙在草原上举行庆贺胜利欢宴，并与宝日龙梅在草原上畅游，发生情爱，宝日龙梅回到蒙古旧部。朱三太子来袭康熙大营被歼，康熙见到战死的朱三太子和葛礼。康熙回京途中，索额图和胤礽着素服率众臣跪地迎驾，告孝庄皇太后和苏麻喇姑已经病逝，康熙昏厥过去。康熙来到灵堂。明珠在牢里捉虱子，咒骂政敌，索额图也被押进了大牢，明珠要张廷玉向康熙禀报由他来审办索额图一案，李光地建议胤礽赶快上奏折弹劾索额图，以与索额图划清界线，被胤礽扇了一个耳光。康熙下旨审理索额图一案，胤礽监审。索额图称葛礼袭营一事与他无关。

康熙问胤礽索额图弑君一事，胤礽承认曾与他密商过，康熙称以后不会提起此事。康熙废除太子胤礽，胤礽当庭晕倒，容妃以孝庄皇太后之遗旨反对废太子，慧妃称孝庄皇太后不曾有此遗旨，康熙下旨将容妃押下，剥夺贵妃身份。康熙下旨给胤礽去掉枷锁，并予治病。康熙面对皇子争位，深感心力交瘁。康熙告诉容妃，红玉已自杀于朱三太子坟前，问容妃为何放走红玉，容妃称康熙疑心太重，康熙拂袖而去，将容妃逐出后宫为奴。慧妃听到容妃被贬为奴大喜，令她去洗马桶。

千叟宴上，索额图和明珠也戴枷锁前来，康熙见到魏东亭和他的孙子魏子玉。康熙挥酒祭天，敬众臣和百姓，再敬政敌，并称自己是历史上在位时间最长、子孙最多的一位皇帝。众皇子来给千叟敬酒。张廷玉也给索额图、明珠敬酒，索额图对明珠称相逢一笑泯恩仇。魏东亭称康熙“千古一帝”，康熙说只想把后事安排妥当。“千叟宴”外，容妃挑夜洗马桶，终被马桶压死，但她的内心是最洁净的，与那些为了政治利益尔虞我诈的人相比，她一点都不脏。康熙心中悲痛，又心怀愧疚，传旨追封容妃为皇后。魏东亭对康熙称，想不到皇上会封这位皇子为接位之人，说完病逝。朝政之上，康熙即将宣布“立储”遗旨，却猝死在龙座上，走完自己辉煌的一生。(全剧终)