南宋学子宋慈，自小着迷于断案释疑，在睡梦中解开一个骷髅之迷，醒来豪言，此生必得成就刑狱伟业。翌日，京榜题名的宋慈与同科好友孟良臣相邀酒肆，举杯畅饮。席间，孟良臣告诉义兄他已请命受任梅城知县。宋慈深知梅城县地处边远，人事艰险，前任知县上任仅半年就不明不白地遇难身亡，宋慈对好友此去甚感忧虑。梅城县已故知县竹梅亭之女竹英姑怀疑父亲死的蹊跷，来到京城找到曾在衙门当过捕头并有着“捕头王”之称的远房兄长商议，欲请当朝著名刑狱推官宋巩出马，查明父亲遇难真相。宋慈完婚之日，良辰已到，花轿临门，任嘉州推官的父亲却迟迟未归，只得先将新娘迎入府中。正当一对新人行三拜大礼之际，一辆马车冒雨而至，马车载回的竟是宋父遗体……

宋慈从父亲的遗容上发现父亲是死于中毒，就向老家院追问。老家院只得呈上宋父的遗书：原来，四十年刑狱从无错案的宋巩，却是因误断命案而服毒自杀以死谢罪的。父亲的遗书给儿子留下一道“终身不得涉足刑狱”的遗命。从小立志子承父业的宋慈从此心灰意冷，整日以酒浇愁。宋老推官的猝然作古，使英姑和捕头王到嘉州之行落了空，而梅城县却又传来新任知县孟良臣在赴任途中死于客栈起火的恶讯，捕头王和英姑以此力请宋慈赴梅城破案，宋慈却碍于父命而去留两难。好友孟良臣的猝然遇难，使宋慈更加焦灼不安。在母亲的开导下，宋慈顿然领悟父亲临终遗书的良苦用心：老推官是以自己的过失和生命的代价，告诫儿子一个“人命大如天”的至理。解开了心头的郁结，宋慈毅然出征，带着捕头王和英姑，义无反顾地赶赴梅城……

梅城县果然水深难测、暗含杀机。以杨主簿为首的一班县吏早有防备，以至使宋慈到梅城后每每遇壁，处境艰难。英姑为缓解宋慈的烦乱心绪，端来脚水，为宋慈泡脚调理，宋慈心态放松，果然想起了父亲遗书中提到过的一着验法，遂往火烧现场验证孟良臣死因。用酽醋泼地，果然见卧尸之处，浮现出一大片血迹。正在宋慈验地之时，杨主簿率县吏们突然赶来。宋慈临危不乱，机智应变。在知州府，宋慈向卢知州道明了孟良臣死于谋杀的疑点，并问县衙是否有人出身忤作？卢知州告之杨主簿正是仵作出身。杨主簿在妓女“六月红”房里，受雇于他的杀手黑三突然闯入……

黑三要杨出五十两黄金换取沉默。杨主簿明里答应，暗施黑手，结果，就在英姑领宋慈到其父当年遇难的落马坡时，竟发现了坠落悬崖的黑三尸体。所幸与黑三同行的“六月红”被树枝挂住，保得一命。宋慈从黑三七孔的血色断定黑三死于谋杀，遂将“六月红”带回客栈，意欲从此女嘴里挖出梅城迷案的线索。英姑无意中说出一番话，揭穿了卢知州的一个谎言，宋慈巧设敲山震虎之计，对卢知州提出要对半年前遇难的竹知县开棺验尸。离开知州府，宋慈和捕头王就被一群黑衣人追杀。幸亏宋慈的岳父薛庭松受命钦差，及时赶到，暗施援手，才使宋慈摆脱追杀……

负伤醒来的“六月红”终于道出真相，梅城县两任知县谋杀案昭然若揭，宋慈向岳父请命收网。大堂上，卢怀德在宋慈无以辩驳的案情推理之下，却狂笑宋慈找不到谋杀孟知县的证据。谁料宋慈却用惊世骇俗的检验之法，将孟良臣被谋杀后又遭焚尸灭迹的证据从卧尸的地面上验了出来……宋慈初次出山，就建下奇功，令朝野震动，被破格擢升大理寺正六品主事……

太平知县吴淼水仅三天就破得一桩凶杀命案，凶犯曹墨供认因垂涎玉娘美色意欲夺爱而杀了其夫王四，并交出了杀人时所穿的血衣一件。一年后，宋提刑前往太平县视察狱事的路上，将一伙盗贼拿了个人赃俱获，给了鼓吹自己治县有方的吴知县一个难堪。在视察牢狱时，一位给待决死囚儿子喂食的白发老母令宋慈心动。宋慈突然问何故杀人，曹墨脱口而呼没有杀人！旋即又连连改口是他杀了王四。宋慈疑云在心；吴知县暗暗惊心。是夜，宋慈翻阅案卷，发现太平县疑案多多，愤然难抑。而吴知县却半夜悄悄来到死牢，对曹墨循循善诱，嘱其不得翻供，并许诺：只要坚持原先的供词，可免其一死。

宋提刑正让捕头王半夜去请吴知县问案，吴知县正好跨了进来，并呈上了曹墨一案的所有案卷，还尤其郑重地向宋提刑展示了那件作为物证的血衣。不想宋提刑细察血衣之后却愤然击案。宋慈对捕头王和英姑说，除非在三天之内查出真凶，否则将无法改变经刑部审核的原判，可案发一年，时过境迁，查找真凶谈何容易！县衙书吏唐某，怀疑玉娘与曹墨通奸杀夫而在暗中监视，果然发现了玉娘有不轨之举，就急急往宋大人下榻的官驿奔去。时间紧迫，没等天亮，宋慈就命吴知县陪他去一年前的案发现场。路上，吴知县向宋慈讲述当时的案发过程，宋慈听出了几处漏洞，却不动声色。到了江边，宋慈果然发现一大破绽：原案中所称的案发现场，其实决非是案发的第一现场！

正当宋慈找不到头绪之际，唐书吏却提供了一条线索：被害人王四之妻玉娘和凶手曹墨家过往甚密，且经唐书吏描绘的玉娘还是个淫荡之妇；宋慈又传王媒婆询问，而从王媒婆嘴里说出的玉娘，却又是一位恪守妇道的贤淑女子。同是一个玉娘，同是当初曹墨和玉娘在王婆瓜店的邂逅，从吴知县、唐书吏和王媒婆三人嘴里说出来却是截然不同，宋慈断定三人之中必定有人说谎。为求个眼见为实，宋慈带着英姑去找玉娘求证。刚到门前，正遇玉娘出门往城东而去，宋慈示意，和英姑暗中跟着。路过王婆瓜店时，宋慈又发现了本案的又一个破绽：曹墨绝不可能在案发日谋杀王四！

宋慈和英姑跟踪着玉娘，果然见玉娘进了曹府。宋慈进了曹家，见正堂大门紧闭，英姑上前推开门，只见堂上摆着两口棺木，一口是母亲为即将受刑的儿子预备的，另一口是老母亲自己的，宋慈见状动容。玉娘终于对宋慈细说了前因：吴知县曾认定这是一桩奸夫淫女通奸杀人案，公堂之上，严刑逼供，是夜，又将曹墨和玉娘同囚一处，曹墨为保玉娘清白无罪，独自顶下罪名。宋慈再向朱母问起那件血衣时，老人家当时就泪如泉涌……当晚，宋慈连夜将曹墨提出死牢问案，曹墨万念俱灰、拒不翻供。宋慈以曹母讲的一个故事，让曹墨一场痛哭……虽然能证明曹墨并非凶手，但找不出真凶，还是翻不了案，而三日刑期已去其半，宋慈焦心如焚。正在这时，捕头王无意中提到了来太平县路上查获的那帮盗贼，令宋慈双眼一亮！

吴知县对宋慈要提审那帮与本案毫无瓜葛的盗贼甚为不解，而宋慈则微笑着说所谓病急乱投医，碰碰运气而已。当晚，盗贼们被提上大堂。宋慈机智提问，果然获得重大线索：被害人王四的一个银袋子成了其中一个小蝥贼屁股上的补丁。待再提审那小贼，却说银袋子是他在逛窑子时从一个叫王四的嫖客身上偷的，而王四当日已经遇害，不可能出现在窑子里。刚找到的线索又断了。宋慈泡着脚，在心里推着案情，忽然双目一瞪。宋慈快马赶到当初来太平县路过的一条水中坝前——这是一条横卧水中的石坝，汗时作桥，汛时为坝，当初王四进山收取货银，这是必经之地。宋慈恍然大悟，一年前的所谓谋杀王四案昭然若揭，而此时离曹墨的行刑日期仅存几个时辰！

大堂之上，宋慈胸有成竹，一一指出了原案的破绽；吴知县大汗淋漓，竭力狡辩，最终还以血衣为证。而宋慈却说本案最大的破绽也正是这件血衣。继而以无可辩驳的逻辑推理，道出了这件血衣的来历：原是一位慈母不忍心儿子再受酷刑而亲手制造的一件假证。宋慈条分缕析，层层推理，最后结论是王四溺水而死。吴知县拼死力争，说宋大人所言不过是推断，并无证据。宋慈下命开棺验尸：人被杀死后抛尸水中，鼻息全无而沙土进不得颅内；而生前落水溺死者，水中挣扎，鼻息取气，必然吸入沙土——取出死者骷髅，以热水自脑门穴灌入，随即流出，果见过滤用的白布上有一小撮河中细沙……此案真相大白：王四致死本无凶手，而曹墨蒙冤却是知县恶意所为，依大宋律，知县吴淼水就地罢官。未几，却因西湖边一个小小的插曲，宋慈突然请命离京，执意要到外省任职，此举之迷，直至

李家祖上本是望族，到了李唐一代，却家道衰败，夫人和氏和小妾柳氏对整日靠变卖家产过日的丈夫时有怨言。岳父和魁六十寿辰，李唐和大娘子和倩娘同去贺寿，李唐取出一把匕首给小妾柳絮儿防身。柳絮儿胆小没敢接。和倩娘好言劝其将刀放在枕下壮胆。寿筵罢，和魁将女婿一顿训斥后慷慨资助三百两本钱，供女婿开酒店用。为绝女婿退路，逼其进取，翁婿签下契约：三个月内不能酒店开张，女婿得向岳父让出祖传的庄园。当夜，李唐心挂小妾而带着三百两银子连夜赶回；大娘子倩娘却被岳父强留在娘家。夜半四更，李唐大醉而回，说已将柳絮儿卖进了窑子，并出示了三百两卖身银。柳絮儿闻言泪如雨下，一脸恨色地从枕下抽出那把匕首……宋慈经不住夫人玉贞催促，一早起程同回京城去祝贺岳父荣升。马车尚未出城，却遇李唐被人刺杀身亡。

半夜出逃的柳絮儿被捕头赵追回，大娘子倩娘听到后也从娘家匆匆赶回。现场遗落的匕首成了柳氏杀夫的证据，和氏也一口咬定柳絮儿心狠。柳絮儿百口莫辩，当场晕倒。宋慈为其把脉，却另有发现。英姑拿着宋慈为柳氏开的药方去药房抓药，一问，才知宋大人开的原是保胎药。既然柳絮儿怀有身孕，谋杀亲夫的动机便不能成立。宋慈和英姑一起推案，结论是谋杀李唐者设下栽赃柳氏之计。和员外来访，万般恳请宋大人为其女婿报仇，言词间却泄漏出案发当晚其女倩娘情有异常。为解开那把匕首之迷，宋慈和英姑进牢提问柳氏。柳氏却说其实真正把匕首交到她手上的是和氏。和氏有明显的作案动机，但案发日其人留宿娘家，却没有作案时机。宋慈断定和倩娘另有帮凶。借茶楼监视李府，果然见一男子鬼鬼祟祟进入李府，可马上又被倩娘用门闩赶了出来，宋慈一看那男人，竟是前日压价

正当宋慈百思不得其解之时，捕头王兴奋地闯了进来，交给宋慈一支玉簪。宋慈讯问贾仁，贾仁说是案发日李大娘子失落在他家门前的。贾仁的证词证据和和员外漏嘴的证言，无不印证了和氏半夜潜回作案的事实。宋慈于是便放了柳氏，而将和氏捉拿归案。大堂上，和氏虽然矢口否认案发日回过家，却说不清自己的玉簪怎么会失落在旧货店门口。正当和氏百口莫辩之时，柳氏却来为和氏伸冤。柳氏出示了一包和氏亲手缝制的婴儿衣衫，使和氏因嫉恨柳氏怀上身孕而杀夫嫁祸柳氏的作案动机荡然无存。为解开玉簪之迷，宋慈带着和氏到旧货店，按着贾仁的证词，将和氏跟踪李唐的场面作了演示，贾仁说是先听到脚步声而后才看到和氏身影从门前闪过。宋慈恍然大悟：迷底就在男女有别的一双脚上！

命案扑朔迷离，宋慈夜不成寐，夜月下，鬼使神地差来到库房，却见英姑埋头在库房角落里阅着尘封案卷。为解开那支玉簪之迷，宋慈赶到和家镇和员外府上，却意外发现严家厨娘竟是大脚。经追审，老厨娘却道出一桩怪事：案发夜，戏班男优曾穿着女装夜半潜出严府。捕头王赶到男优住处，却发现男优已悬梁气绝。经检验，宋慈识破男优是他杀。由此，一位道貌岸然的父亲处心积虑，杀婿祸女，欲霸庄园的案情浮出水面。进而一份陈年案卷又揭开了和魁三十年前谋杀和氏生父的悬置血案。然而在大堂之上，作为受害人的和氏却无法接受几十年认贼为父的事实。

唯一知情严家秘密的老厨娘上堂作证，和魁却利用亲情百般狡辩。为揭穿和魁谎言，宋慈当堂用滴骨辩亲法，验证了和魁父女并无血缘之亲。在无以辩驳的事实面前，和魁终于瘫痪于地。此案具结，和魁伏法。柳氏生下一男儿，续了李家之脉，大娘小妾悲喜交加，相拥而泣。邹记酒馆生意火爆，老板邹仁步入大堂向酒客致意，逢场作戏的一番套话，倒招来酒客们的冷嘲热讽，正想离去，却闻邻居的杨易和童非打起了嘴仗。杨、童两家素有小怨，童非对杨易言语讥嘲，令杨易无地自容，起身离去。杨易怒冲冲回到家中，一推门，屋里传来“啊”的一声惊叫——弟弟的突然闯入，竟把姐姐吓一大跳。

杨易从家里找出一个包裹，重回酒店当众打开，竟是百两白银。借着酒兴，杨易声称昨夜在城南门外将一商人推入枯井，夺得这百两银子。众人都当杨易是酒后疯言。老板邹仁想上前劝说，却被杨易一顿狠话堵了回去。第二天一大清早，童非就去提刑衙门报案。宋慈笑道，世上真有杀人越货还到处张扬之人吗？可出于慎重，还是去城南察看，不想果然从井底捞出一具男尸。而报案的童非一见男尸，大出意外地溜了。验尸中发现尸体七孔内有血迹，十指呈黯黑色，即命英姑张贴告示。杨家大姐到城南认尸，死者果然是其夫崔成。宋慈升堂问杨易，杨易矢口否认自己曾在酒店扬言杀人。宋慈问这一百两银子何来？杨易说这银子本是他姐夫带回的！宋慈带杨易到停尸房，死者正是杨易的姐夫崔成。

躲出家门的童非终被捕头王押回提刑衙门。捕头王一番自以为是的推论，将童非断成凶手。岂料，童非口齿伶俐，一番辩驳，竟让捕头王张口结舌、理屈词穷。多亏英姑出面另作一番假设，才挽回了捕头王的面子。丈夫被害，弟弟又涉嫌入狱，杨月儿整天以泪洗面。邻里前去劝慰，开酒店的邹老板也古道热肠地前去看望。宋慈来到杨家，杨月儿跪求宋大人放了弟弟杨易。宋慈说要让杨易摆脱嫌疑，就得找到真凶。在杨家后院，捕头王忽然想起当日杨易对那扇通往邻居的后门有反常之态，宋慈上前一拉，那门已被封死，宋慈心中起疑。是夜，宋慈去狱中问杨易，家中有无见过砒霜？

杨易说，姐姐买过砒霜，是为毒老鼠的。宋又提起后院的小门，杨似有隐情。宋慈突然又追问一句，你是否见过鬼？杨易脸呈痛苦之状，宋慈便不再多问，而心里却对案情渐有眉目。宋慈将童非释放，却让他必须找到本案的一件证据。童非按宋提刑所嘱，在邹记酒馆门外守株待兔，终于找了那架常给邹记酒馆送酒的驴车。宋慈从驴车的车轮缝隙中取出些许粘泥，正和他取自城南井边的粘土相符，从而证明了宋慈的推断。是夜，宋慈到邹记酒馆拜访邹仁，伙计说主人在后花园，宋慈相随到后花园，却不见邹仁身影。伙计说主人明明在后花园钓鱼的，宋慈戏说你家主人兴许是被鱼钓了，说话时双眼紧盯着那扇与杨家相通的小门。邹仁果然在杨家商量着秘事。忽闻敲门声响起，邹仁欲从后门逃走，不料后门已被人上了闩。而前门开处，却见宋慈笑吟吟地出现在门口，杨月儿几乎昏倒……

邹仁与杨月儿作为“奸夫奸妇”被带上公堂。邹仁坦言与杨月儿有私情，却声称与谋杀丝毫无涉。宋慈依据种种证物，层层推理：事发当晚，邹仁毒死崔成，而后故意在酒客面前招摇，造成案发时不在现场的假象。巧缝杨易用百两银子当众吹牛，就将计就计，将送酒的车夫骗进酒店用酒灌醉，然后用驴车移尸城南枯井，意欲除了崔成，又栽赃杨易，从而夺得杨家房产来扩展他的酒馆。为证实推理，宋慈一一举出多项证据，使邹仁在如山的铁证面前彻底崩溃……杨月儿自知罪不可恕，绝望下，以额磕地，求宋大人让她再见胞弟一面。宋慈允其所求。姐弟见面，一番生离死别后，宋慈放任杨氏撞墙而死，保得妇人全尸而终。杨易深知宋大人之用心良苦，自是感恩不尽。而宋慈却在破了此案后，将自己不吃不喝关在书房整整三天。捕头王生怕大人有何不测，英姑却道出了大人的情怀……

毛竹坞横着一具外乡人的尸体。提刑衙门接到报案后，宋慈亲领捕头王和英姑到现场验尸。见死者除右臂有一块火烙伤痕外，胸前有多处形状奇特的刀伤，后知是为刀头呈三角的篾刀所伤。捕头王在离尸体不远处找到一把有着“牛记铁铺”铁印的新刀，但赶到铁铺前，却发现牛铁匠人去屋空。英姑奉命满城张贴死者的图形告示。一个年轻美貌的少妇见了图形发出惊呼，急急赶到尸棚，捋开那条有一个火烙伤痕的手臂一看，竟喜泪纵横。毛竹坞出了命案，令村民惶惶不安。村老们但怕从此毁了毛竹坞的名声，就商量着找宋大人陈说毛竹坞的百年好村风，暗示毛竹坞绝无杀人狂徒；宋慈也给老人们吃颗定心丸：若无确凿证据，绝不会妄断命案！老者离去，宋慈却对一家门前围聚的大群苍蝇看得入神，向瞎子阿婆打听后，知道那是众口皆碑的大善人何老二的家。

翠姑欢天喜地走在回到毛竹坞的路上。捕头王快马出山，与翠姑打了个照面，忽觉眼熟。翠姑与母亲说起那恶人已死，才得以回家和母亲团聚时喜泪纵横。三叔婆却因何老二近日的反常之态而忧心忡忡。宋慈与邓九等毛竹坞村民相商查案之事。宋慈向众人通报，方圆三里没有找到杀人现场。大叔公邓九问官府是否怀疑杀人现场就在村民家中？并表示各家自愿开门接受检查。宋慈则要求将各家的篾刀悉数收缴查验。英姑和捕头王来向宋慈报说各自所获。已可确定死者正是前些天在邻县发生作案抢劫的在逃盗贼。捕头王又忽然想起在路上打个照面的女子，原来是青龙帮帮首王鹏的老婆，由此推断，死者正是七年前从捕头王手上漏网的恶首王鹏。虽然在逃多年的王鹏横尸毛竹坞仍是难解之迷，但死者的身份确定，宋慈如释重负……

何老二散尽家财后，将脖子套进绳索。宋慈率捕头王及时赶到，从吊索上救了何老二一命。宋慈在将军庙前开设法堂，公开审案。百余把篾刀摊放在地，苍蝇聚来，却只叮其中一把，而那把杀过人的篾刀上刻着何老二的名字。村人震惊之余，纷纷跪下求情。何老二为情所感，痛哭着承认是他杀了外乡人。宋慈如履其境地将何老二在强敌入室行凶之时，出于本能反抗而侥幸砍倒恶贼的过程推说一番，并当众宣告，何老二不但杀人无罪，还杀贼有功！村民欢腾。破了毛竹坞案，宋慈兴致颇高。英姑却让人抬进一块二十年前御笔亲题“百官楷模”的御匾。而当年的百官楷模就是英姑父亲的同窗白贤老知县……而此时，青阳县正发生了一桩令人发指的杀人奸尸案，一身正气地白贤老知县从现场发现一把写有城里首富吕文周大名的扇子，白老知县将吕文周捉拿归案……

首富吕文周平时恃财傲物，不结人缘。如今案发，落了个墙倒众人推。有现场扇子的物证，还有邻人亲眼目睹吕文周当街调戏被害人何氏的人证，更有百姓联名上书共指吕文周品行不良的旁证，白贤升起大堂，秉公而断，吕文周判了死罪，打入死牢，报请上司核准处斩。宋慈夜读青阳县案卷，有所疑问，连夜启程赶往青阳县。吕文周妻三娘探监，吕文周对平时拈花惹草，不善待妻子深表悔恨。三娘听后泪如泉涌，表示要散尽家财，以期老天开眼，为夫平冤。三娘大办佛事行善，吕府门前诵经声震天。宋慈也来到吕府门前看了会热闹。一阵奇异的酒香，把宋慈引进一家深巷中的小酒肆，店主王二热情待客。宋慈对店中自酿的米酒赞不绝口。吕府门前的佛号声也引来了白知县，吕家人摆出那破釜沉舟之势，让老知县暗自惊心……

白贤对宋慈的到来，有些惊惶，问案中有何不妥。宋慈说虽有遗扇为证，却少了赠扇人郑玉的旁证。白贤深夜下狱，再问郑玉其人。吕坚称并无此友。宋慈进而又指出案发在四月初三，是夜细雨绵绵，天气寒冷，凶手为何带携扇作案？白贤听此一说，深感审案确有疏漏，愧恨之下，竟昏倒在地。看着昏睡在床的白老知县，宋慈不禁想起承受不起过错而以死谢罪的父亲而潸然落泪。宋慈看着扇面题字，忽然觉得诗文眼熟。再去深巷酒肆，果然见墙上题诗与扇面的是同一首诗。可酒肆老板王二却怎么也记不起题字的王传是何方人氏。王二老婆珠儿突然端酒菜上楼，有意无意地推开窗子，宋慈居高临下地从酒楼窗口看到了对门童四正给亡妻做着祭事。珠儿话中有话，可宋慈反感窑子出身的珠儿那一身媚气而离开了酒肆。

宋慈和白贤再去童家，在童家内房的窗台前，宋慈忽见王二老婆珠儿正在对门楼上向童家探望。宋慈此时才想起昨天珠儿话中似有别音。急急赶往王二酒肆，珠儿细说了当时王传和几个读书人在此喝酒的情景。正说着，王二突然上楼，说他终于想起来，王传家住邻县凤阳。宋慈注意到王二鞋底沾着黄泥。宋慈赶到凤阳，拿出扇子，王传说诗是他作的，但扇面上的字却像出自他好友郑鉴手笔。捕头王率捕快赶到黄泥岗陈鉴家时，却见陈鉴早已中毒身亡。现场遗留的一股浓郁的酒香，让宋慈猛地想到了真凶正是酒肆王二。法堂上，宋慈仍推白贤高坐，自己陪审。

王二因在楼上窗口窥见对门何氏美貌，趁童四出门在外，深夜潜入童家，意欲行奸，何氏拼死不从，王二遂杀何氏奸尸，事后设下遗扇嫁祸之计，使吕文周蒙冤，眼看案情败露，又杀为他扇面题字的陈鉴灭口，宋慈将案情推得如履其境。王二却说没有实证而不能定其死罪。宋慈开棺验尸，死者刀伤右浅深，右窄而左宽，正是王二这个左撇子所为。铁证面前，王二伏法，吕文周得以重见天日。而白贤老知县却悄悄挂冠，携老伴如释重负地回归故里。楼家为女儿订亲喝酒至深夜。清晨家人急报：小姐死于后花园枯井之中，井中另有一未死男子，是在楼家教书的落魄秀才梁雨生。县衙，知县刘皓质问梁雨生：如何与小姐外出？梁说，昨夜与小姐相约私奔，不想竟跌下枯井……

刘皓认定，既是相约私奔，为何未带行李，而小姐带的银财在他身上？必是谋财害命。宋慈读梁雨生案卷读出疑问，即潜入楼宅枯井处查看，捡得一小儿饰物——狮形的铜挂锁。宋慈告知刘皓此案有疑点。二人同去狱中探视疑犯梁雨生。那人如疯如癫，痴念着已死的小姐。宋慈问梁如何与小姐相约。梁说，那夜喝酒后回房看到桌上有纸条，小姐约他私奔他乡，故急急赴约，谁知害了小姐性命。宋慈与刘皓去楼家查探。宋要看梁雨生住的屋子。但屋里没有任何信件或诗稿。楼员外说，因痛恨梁害死女儿，将他的东西扔掉了。宋慈又进小姐住房查探。见壁上贴着一首词，写得缠绵温柔。楼员外说是女儿写的，宋却认定是男人所作。又见火盆里有烧剩的一点纸片，上有词中之字，但笔迹不同。随即提出要验尸。验尸得知楼家女儿身怀有孕。

宋慈从狱中叫出梁雨生，有意吟起小姐房里的那首词，梁雨生即说此词是他所作，即写下整首词。又说与小姐只是隔墙遥望，从未私会。刘皓说你把小姐肚子弄大了，还说这话？梁大喊冤枉，说诗文是楼家小儿交丫环，再转小姐的。宋慈想到丫环是关键人物。再去楼宅，丫环已用剪刀自杀。宋慈细察其伤势，认为是他杀。又发觉死者指甲内有血迹，而楼员外左边脸颊恰有两道抓破的血痕，楼夫人说是她睡梦中不慎抓破的。刘知县提出见解：楼员外恨女儿与穷秀才相好，一时气急，将二人推入井中。此事让丫环看到，只得杀丫环灭口……宋慈否认楼员外杀人。要刘皓在全城搜捕凶手，凡脸有破痕者都要细加询问。

英姑暗随一个脸上有抓痕的男人，见其走进一座破落小院。稍后，楼夫人携宝儿去私塾读书，不一会也悄然走进破落小院内，与那名叫袁生的男子幽会。宋慈、刘皓及楼员外赶到，男人已倒地身亡。众惊。宋慈从容讲出此案的微妙内情。有人密谋“李代桃僵”之计：梁雨生与小姐隔楼遥望而生情，将情诗交学生宝儿送给小姐，宝儿给了丫环，丫环则给了袁生，袁又另抄一份当作己作送给小姐。小姐爱袁生风流潇洒，以身相许。袁生与她相约于订亲夜外逃。订亲之夜，梁雨生喝了许多酒，见小姐的留条，便毫不犹豫追至后花园，懵懵懂懂被人弄至枯井之下。楼夫人说，没想到袁生会做下这种恶事。宋慈却揭出楼夫人的险恶用意：借袁生之手，将小姐害死，另将梁雨生作为替死鬼，最后再弄死袁生。

楼员外质问女人：我待你不薄，为什么还这样做？女人愤然道：我不过是被你花五百两银子买来的卖笑女子，你女儿对我屡出恶语，只怕将来我们母子没有好结果，故而趁早除去，让宝儿独得家产。此案既破。夫人求宋慈与儿子再见一面。女人将自己的一缕青丝交给尚不懂事的儿子。而后，她用刀自刺胸口，拔出刀子交给宋慈，说是杀人凶器……杜松妻子李玉儿离家三月未归，杜母街坊里听到风言风语，拖着病体到豆腐坊责问儿子。妻舅李丁也怒气冲冲赶到，喊着要杜松还他的姐姐。太平知县刁光斗在河边垂钓，来了位秀才讼师贾博古。二人心照不宣，谈定了交易。随后，杜松被传上大堂，刁知县好言好语，说只要杜松交出李氏，街上盛传他谋杀老婆的谣言便不攻自破。无奈杜松交不出人来。刁知县条分缕析，推理杜松因妻子不贤而起狠心，将李氏谋害，抛尸河中……

杜松当堂喊冤，刁知县却也不怒，好言道若交不出李氏，只得将杜收监，李氏何时出现，本案何时具结。时隔半年之后，贾博古来催知县结案。刁光斗绵里藏针地问贾何以对此案如此尽心？贾只得再奉上一张银票。于是，刁知县便对杜松动了酷刑，无奈杜松死不认罪。宋慈下县暗访，路遇李丁运姐姐尸骨回家。宋慈问一堆尸骨何以就能确认死者是令姐？李丁说敢认下姐姐的尸骨，全凭一对祖传银镯。宋慈取镯细看良久，或有发现，遂假称高人，劝李丁停棺七日再下葬。李丁听从了。宋慈入城后，在茶肆听到议论，棺材店老伙计说李氏尸骨里藏着蹊跷。宋慈当即就去桃花渡作实地察，果然可疑。渡船上，又意外得知向官府报称找到李氏尸骨的正是这位以摆渡为业的船家。

宋慈向杜松母亲探问事因。老人迟疑地说起一件事：去年夏天，她亲眼见儿媳玉儿与秀才老爷说些调笑之语。老人怕惹祸水，便将此事压在心里。宋慈赶到李丁家，对那具李丁接回的尸骨进行检验。结果，原来那是一具男子的尸骨，且也是被谋害致死。宋慈和英姑几乎同时把贾博古作为本案最大的嫌疑人。一位从京城来的信使进了县衙，交给刁知县一封密件，刁光斗感到太平县城有了一种山雨欲来风满楼之势。果然，随后就发生了两件奇事：一件是摆渡的老大在风雨亭上吊了；另一件是贾秀才突然失踪了。刁光斗却胸有成竹，处乱不惊。说不管来的是狂风还是恶浪，先把屁股擦干净了再说，他要尽管了结杜松案。

大堂上，刁知县假作善意，声称愿替杜松供养老母。杜松感念知县大恩德，举笔正要画押，宋慈突然走上堂来，说是受杜母之托，前来打这场官司的。宋慈用其让人称绝的推理，把此案始末一一道来，所谓杜松杀妻案，原是贾秀才为夺人之爱而设下阴谋；而身为父母官的刁光斗则明知此案有假，而将错就错，不惜以百姓的生命换取钱财。刁光斗知道事情不妙，把宋慈请到后堂说话。到后堂，刁光斗得意地从袖中取出一封来自京城某大人的密信，声称自已有朝中大人保护。宋慈击案而起，正其时，忽然来了圣旨。圣旨虽然将刁光斗削职为民，但刁光斗和宋慈心里都清楚，这是朝中有人出面保护了刁某。宋慈黯然而去。

嘉州银库一夜间失盗二十万两。据报，库监公孙健与盗贼里应内外，盗走官银。公孙健受审时撞壁而死。朝廷上议论纷纷。吏部尚书薛庭松提议急调宋慈至嘉州，协查此案。宋皇应允。宋慈急赴嘉州途中，嘉州衙门派人人迎其上花船，船上有弹琴女子。宋慈怒而下船，骑驴进城。知州范方一副病态出来见宋慈。二人谈话很不投机。宋慈即去狱中察看，追查公孙健尸体。狱吏胡乱找来一具，被宋慈一眼识破。通判袁捷赶至，责打狱吏一顿，令其找到公孙健之尸。袁捷与宋慈乃同科进士，即约宋去家中小坐。袁捷家境清寒，摆设简朴，请客喝酒，仅让妻子买一只猪耳，炒一把黄豆。其子读书刻苦，其妻贤惠，宋慈十分感叹，认为袁甘于清贫，勤于政事，是难得人才。

宋慈到库监公孙健家查探，见其妻疯疯癫癫坐在门前，不与人交谈。又进得公孙家，见屋内抄搜得十分零乱，未有赃物。案情一时难有进展。宋慈故作闲极无聊，上茶楼听曲。一位弹琵琶的紫玉姑娘，性气高傲，给他留下较深印象。又听人议论嘉州两位官员，对贪财的范方深恶痛绝，对干练廉洁的袁捷大加称赞。是夜，袁捷率部得胜而归，称已剿灭那伙盗贼，且获一图纸，得知被盗之银未在运出城，掩埋在城内，且在州衙附近。袁捷要在衙门内挨家搜查，从官员自家搜起。范方闻言，神色慌乱，表示反对，袁捷坚持己见，宋慈则笑而不语。是夜，范宅内似有掘地的响动。通判袁捷悄然走出家门，与弹琵琶的紫玉幽会于一小宅院内……

清早，袁捷带一队人马到衙门搜寻赃银，且从自家屋内搜起，其他官员敢怒不敢言，范方惊惶不已。捕头王找到公孙健尸体。宋慈查验认定：公孙健被毒打，骨断数处，舌头被割断，强塞入咽，致使气息难通，撞壁而死。是夜。宋慈被袁捷请至城外河道边听曲赏月。半夜时分，河道关卡拦住一条船，船上竟是范方之妻。即搜出船上有二十余万两银子，即被扣下。范方赶来，声称银子是自己攒下的。袁捷质问：州官一年才有多少俸银？这二十余万两银子如何积下来？又何必偷偷摸摸半夜起运？范方有口难辩。此案报至朝廷。薛庭松认为必是盗贼逼范藏银，盗贼既死，范欲占为己有，故有此举。宋皇下诏：收回官银二十万两，革去范方官职，袁捷升知州。

袁捷约宋慈上城外小山观景，兴奋之情溢于言表。宋慈却说，范方并非盗银之辈，实是另有手段高明者在操纵此案。宋袁二人言词交锋，不欢而散。紫玉偶尔发现邻屋藏有十二口大箱子里，箱内全是银子。她欲找袁捷，未见，却与袁妻有一番对话。原来，袁妻对丈夫与紫玉相好之事十分清楚，亦知其他秘事。袁捷至紫玉住处。紫玉质问袁，为何做这种下道之事？袁羞怒不已，竟将紫玉击昏后抛至河中。薛庭松、冯御史等重臣到嘉州，向袁、范宣读诏书。宋慈匆匆赶来，对众官员说有实情相告。宋从范方的二十余万两银子说起，层层解开疑点，又请出公孙妻，讲公孙被害实情；公孙将一本账册埋于院内，记有袁捷多次逼其盗取库银的细目……

宋慈在紫玉住处抬出十二大箱，计十万两白银。袁捷矢口否认与此银有关。紫玉再现，原来她已被捕头王从河时救起。袁捷见大势已去，服毒而死。薛庭松为女婿入京为官费了气力，宋慈却不想做京官。岂料宋皇下旨，任其为提点京畿行狱。宋慈只得上任。岳父六十大寿这天，宋慈去薛府，路遇兵部侍郎史文俊，被奚落几句。酒宴上，史文俊仗酒胡言，搅得众人不开心，遂拂袖回府。宋慈随即离去，途经史府墙院外，似乎听得墙内有异常声响。是夜，史府男仆唐二宝唆使丫环小凤外逃，被察觉，刚回府的史文俊提剑追寻。夜色混乱之中，丫环小凤惨叫一声，已被刺杀，倒地身亡。

御林军将史府团团围住，骗出史文俊，押至临安府受审。史文俊无所顾忌，从容走入临安府。宋慈见状有疑惑。新任知府吴淼水升堂审案。原告唐二宝声称表妹小凤被拐卖至史府，遭史文俊强暴，故而出逃，却被史刺杀。史文俊大怒，说绝无此事。唐二宝又说出更严重的情节：小凤窃得史文俊与北方敌国私通的证物——腰牌和史亲笔写的通敌文书。吴淼水据此判定史文俊为通敌罪，打入“天”字号大牢。史府老家奴求见宋慈，要宋帮主人洗却诬告，卸除罪名。宋慈对史没好感，但认为此案有蹊跷，即去史府查探。英姑与玉贞商量，借助与慧珏公主的密切关系，向宋皇提议，让宋慈介入此案。

金銮殿上，文武大臣对处置史文俊各叙己见。宋皇问宋慈意见？宋慈说此案尚未查清，如何谈得上处置？宋慈要求参与查案，弄清案因。薛庭松提出冯御史当主审，宋慈、吴淼水为副审。史府内。宋慈查验小凤尸体，见其衣衫被扯破，头发披乱。判断杀人凶器为单锋剔骨刀，而非原先认定的史文俊随带长剑。接生婆用绵丝缠在手指上，查验出小凤仍是处女，排除了史对小凤施暴的指控。宋慈对唐二宝提问：那夜二更后才出现月光，如何看得见杀小凤的情景？唐有些惊慌，答非所问。宋慈再三追问唐的家境，唐越发惊惶失措，慌急而逃。衙役在后花园莲花池中摸出一把厨房用的剔骨刀。宋认为这才是真正的凶器。

史夫人向宋慈讲出小凤身世：十几年前，去郊外拜佛，遇一年轻女人，将的女儿交托寄养。留有一块印章，有“偶得佳句共剪窗”几个字。郊外有人被杀。宋慈急急赶去，胡知府也同时到达。一妇人认出是其丈夫黑三，在醉花楼做事。宋慈进狱中询问史文俊。史说，一日在醉花楼，有部下送画给他，恰遇薛庭松及店主沈彪。史让丫环小凤转送画给薛。出门时，见一卖柴汉子倒在外面，夫人起同情之心，加上沈彪劝说，就让唐二宝入史府做事了。嘉州袁捷案尚有十万两银子不知去向，宋慈曾让英姑向袁妻追问银子送到京城的去向，袁妻只知经手人为酒楼店主，脸上有一块暗红的胎记。而醉花楼店主沈彪的脸上恰有一块暗红色胎记。宋慈至黑三妻处，追问唐二宝的去向。黑三妻犹豫不决……

宋慈向冯御史报说此案的新线索。冯御史忽然头痛不止，倒在椅子上。宋慈见房里有张字画，题款上的闲章，正是“偶得佳句共剪窗”几个字。吴淼水请宋慈到临安府。公堂上摆了一具死尸，竟是黑三妻。胡说宋慈去过黑三家，走后便发觉妇人死在家中。又叫出两个丫环，摆出物证：一万两银票及一张纸条。胡称宋慈在后街与英姑双宿双飞，银票与小院丫环是史文俊送的，宋慈写纸条给史文俊，可保其过关。宋慈验查看纸条上的字，确是自己的笔迹。至此，环环相扣，宋慈已无言可辩，即被关入“地”字号大牢。一个身披斗篷者进狱中与宋慈见面，竟是岳父薛庭松。薛要宋慈抽身而退，只要不再管此案，我可以帮你洗清冤情。宋慈反问：莫非岳父大人与此案有牵连？薛大怒，拂袖而去。

薛玉贞来狱中探望宋慈，表示要帮宋慈洗清冤屈。她在慧珏公主住处见宋皇，为宋慈申辩。慧珏提议，让宋慈戴镣自查，洗清身上的冤情。宋皇允诺。慧珏去狱中宣读诏书。宋慈拜谢圣恩，要求在狱中审案，并要求查阅所有证物案卷。吴淼水无奈从命。深夜，宋慈在狱中细看有本人笔迹的信纸，百思不解。玉贞来狱中给他洗脚，不慎弄湿纸页，忽有所察。醉花楼店主沈彪跌死。宋慈验尸。查到楼上扶栏，有被锯断的痕迹。慧珏公主请宋皇、薛庭松等人看傀儡戏：一男一女有了私情，女人怀了身孕，被男人逼死。女儿长大后竟遭父亲调戏，愤而自尽，母女俩一同向那负心男人报仇……薛庭松失态地叫起来：把他们抓起来！幕后面走出一个人，竟是宋慈，刚才是他在后面串演这出傀儡戏。

宋慈说出案情真相：小凤原是薛庭松的弃女。薛偶尔得知此事，让唐二宝混入史府，诱出小凤，谁知弄巧成拙，唐二宝于混乱中失手刺杀小凤，无奈只得编了谎话，说是史文俊所为。薛庭松因亲女被杀，愤而报复史文俊。吴淼水说，史文俊私通敌国罪有腰牌和文书为凭。宋慈取清水一盆，将信纸投入水中，即见那纸片散成小块了……原来是由许多小片碎纸拼起，在炭火上烘干成一封书信。有此妙法，便可编成有力假证，将史文俊及宋慈打成重罪。宋皇怒道：将薛庭松等拿下！宋慈去狱中探望岳父。二人有一番对话。宋皇下旨，免薛死罪，遣返原籍，永不录用。玉贞独自送父亲回原籍，至三里亭，薛不走了。他对玉贞说出一番悔恨之词后服毒自尽……

宋慈在瓦舍看锦玉班演杂剧，忽报西郊明泉寺后山发现一具白骨，即赶往现场。死者发间有一银簪，后又捡得一只绣花软底鞋。山下有一座大庄院，忽遇恶犬，有人拔刀杀死恶犬，是刑部小吏竹如海。宅院称“如意苑”，十分热闹。宋慈想进去，被拒之门外。见锦玉班的小桃红从里面出来，竹如海随之而去。宋慈去瓦舍询问锦玉班女班主，那鞋果然是女旦所穿。一年前，美貌女旦绿腰忽然不见踪影，死者莫非是她？宋慈再去如意苑，路遇去如意苑买马的驸马爷梅子林。如意苑的管事这回对宋慈十分殷勤，请宋慈入苑内，并可随意走动。宋慈发觉里面排场非同一般，吃喝嫖赌，无所不为，朝廷各级官员与京城内外的商贾，比比皆是。

一直未露面庄主给宋一份厚礼，宋未收。回到家中，却见那礼物分别是给母亲及刚刚怀孕的妻子玉贞的野山参和鹿茸，宋慈大惊：此人不简单！如意苑内有一幢小屋，石瓦石壁，铁门紧闭。两个黑衣人死于屋外。宋慈得报去查验死尸，系毒箭所伤。二黑衣人半夜欲入屋，被毒箭射杀。庄主终于露面，竟是宋慈原先打过交道的刁知县刁光斗。刁从容打开石屋，让宋慈、曹纲入内。室内仅一床一椅，另有八口大箱子，别无他物。宋慈暗生疑窦。西郊明泉寺后山又发觉死尸，是锦玉班的女旦小桃红。宋慈验尸后认为小桃红死于两天前。锦玉班主姜氏认为是竹如海所杀。柳青证实说，两天前竹如海来找过小桃红，当夜回到小院，又见窗台上留有竹如海的雨伞。次日一早，竹如海神情慌急地来探问，小桃红是否回来？

竹如海在公堂说，有人来报，小桃红被拘明泉寺，他即赶往明泉寺。在后殿听到有女子低泣，叫唤小桃红，果然应声。二人刚刚相会，和尚们追赶过来，便摸黑往山上逃，慌不择路，小桃红惨叫一声，滚下陡坡，从此不见踪影。然而，明泉寺住持出来作证，前晚寺内十分安静。又有车夫张大力作证，竹如海曾雇他的车，拖上一个裹着被子的死人……宋慈据已知证据与线索，作出推论：竹如海暗恋小桃红，那日闯入屋内求欢而不得，一时恼起，扼颈至死，不得已黑夜里移尸郊外……判定竹如海为杀人凶犯，将其关进死牢。竹如海在狱中自杀，留有一纸遗书。宋慈在明泉寺前寻得一隐于草丛中的小池，水很凉，有水草，又寻得一枚骨钗，想到尸体曾被浸于凉水中……宋慈方知断错案了。

刁光斗突然造访，对宋慈说，已将宋所撰之书熟读，这回案子是套用一次而已。又说，竹如海想借小桃红进如意苑之机刺探内情，这回借宋慈之手除掉竹如海，十分开心。宋慈悔疚不已。刁光斗以话激他：你父亲审错案以自杀谢罪，你也应如此。宋慈要喝毒酒，被英姑等拦住。宋慈向宋皇请罪。宋皇赦其无罪，嘱其排除阻力，查清此案。姜氏说，四天前城里富户朱某请小桃红去家中唱戏，再没见其人。朱称，那天小桃红刚来，就有几个人抬了宫轿将她接走了。宋慈找柳青，那人已离去。另外，明泉寺住持不知去向。脚夫张大力淹死在护城河。小吏姚千说有竹如海所藏之物欲转交与宋慈。宋慈赶到姚住处，此人已被毒杀。欲交之物不见，尸旁捡得一块造形精美的玉饰。

宋慈找到管理朝廷粮草事务的驸马爷，见其神情不佳，又将玉饰让他辨认，竟失态跌下马来。几个老臣随冯御史和曹纲到提刑司探问案情。宋慈让被捕头抓回的柳青讲出实情：有人以保她大红大紫为诱饵，让她假扮小桃红在明泉寺与竹如海相会，逃往后山时，又假装跌落陡坡……发觉此案竟追到驸马爷身上，曹纲与冯御史等惊惶起来，要宋慈不必再查。谁知，慧珏公主带着驸马爷来提刑司自首了……

宋慈进如意苑“请”刁光斗。刁在那幢小屋。宋慈独自进去，与之交锋。刁问宋此案查询得如何，是否查到驸马爷身上？又是否将驸马爷定为无罪之人？宋慈说，此案是你刁某一手制造的。宋慈将案情一一推演出来：刁光斗欲拉驸马爷做北方劣马换南方粮食的生意，以春药入酒，驸马爷将小桃红扼死并奸之，自此只得由刁某摆布了。刁某将小桃红之尸浸入池中，造成假案，借宋慈手逼死竹如海。可谓一箭三雕。刁光斗称赞宋慈推演得一丝不差，又说，运粮船队一路顺风，很快便到北国地界。宋慈大惊，那么多官员何以唯刁某是听？刁光斗说出秘密：小屋里的八大箱子，藏有众多官员丑事的证据。

宋慈将案情一一推演出来：刁光斗欲拉驸马爷做北方劣马换南方粮食的生意，以春药入酒，驸马爷将小桃红扼死并奸之，自此只得由刁某摆布了。刁某将小桃红之尸浸入池中，造成假案，借宋慈手逼死竹如海。可谓一箭三雕。刁光斗称赞宋慈推演得一丝不差，又说，运粮船队一路顺风，很快便到北国地界。宋慈大惊，那么多官员何以唯刁某是听？刁光斗说出秘密：小屋里的八大箱子，藏有众多官员丑事的证据。